Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg

 
 
 
 
 
 
 
 

Software

Um unsere Forschungsprojekte zu verwirklichen, ist es häufig nötig Software-Werkzeuge zu entwicklen, die zum Beispiel den Umgang mit großen Datenmengen erleichtern oder eine spezifische Analysemethode überhaupt erst möglich machen. Typischerweise sind solche Werkzeuge sehr speziell und daher für andere Arbeitsgruppen nicht besonders interessant. Im Laufe der Jahre haben die Forschungsaktivitäten in der Abteilung jedoch eine ganze Reihe von Software-Projekten angestossen, die durchaus von allgemeinem Interesse sind und teils weite Verbreitung gefunden haben. Diese Seite gibt einen kompakten Überblick über eine Auswahl freier "open-source" Software, die unentgeldlich allen Interessenten zur Verfügung steht.

PyMVPA

PyMVPA LogoPyMVPA ist eine Softwareumgebung für die Auswertung von neurowissenschaftlichen Daten mit den Methoden der multivariaten Musteranalyse (z.B. Klassifikation). PyMVPA ist eine Python-basierte, plattform-unabhängige, Open-Source Softwarelösung, die es erlaubt, die verfügbaren Algorithmen aus der Forschung zum maschinellen Lernen in höchst flexibler Weise auf Daten unterschiedlicher Herkunft anzuwenden. Seit der ersten Publikation im Jahr 2009 wurde PyMVPA von zahlreichen Arbeitsgruppen aus der ganzen Welt für eine Reihe hochrangig publizierter Arbeiten verwendet.

Ein Überblicksartikel zu PyMVPA ist in der Zeitschrift Frontiers in Neuroinformatics publiziert. Weitere Informationen zu PyMVPA, sowie ein umfangreiches Tutorial finden sich unter http://pymvpa.org.

NeuroDebian

NeuroDebian LogoNeuroDebian ist eine komplette Software-Plattform für neurowissenschaftliche Forschung (besonders für den Einsatz von Magnetresonanz-basierten bildgebenden Verfahren). NeuroDebian erreicht seine einzigartige Kombination aus Vielseitigkeit und Stabilität in dem alle relevanten Software-Werkzeuge in das Debian Betriebssystem integriert werden. NeuroDebian kann auf allen verbreiteten Betriebssystem wie MS Windows und Mac OS X, sowie Linux-basierten Rechnern verwendet werden. NeuroDebian ist täglich in hunderten Forschungslaboren weltweit auf tausenden Rechnern im Einsatz.

Ein Artikel zum Anliegen und der Umsetzung von NeuroDebian ist ebenfalls in Frontiers in Neuroinformatics publiziert. Weitere Informationen zu NeuroDebian finden sich unter http://neuro.debian.net.

PyNIfTI/NiBabel

NiBabel LogoPyNIfTI war eines der ersten Pakete, mit dem es möglich war, mit der im Bereich des "scientific computing" populären Programmiersprache Python, auf Daten im NIfTI-Format zuzugreifen. In der Zwischenzeit wurde PyNIfTI durch NiBabel abgelöst, welches eine ganze Reihe weiterer Datenformate im Kontext der bildgebenden Verfahren in den Neurowissenschaften unterstützt. Weitere Informationen zu NiBabel finden sich unter http://nipy.sourceforge.net/nibabel.

Letzte Änderung: 15.11.2012 - Ansprechpartner: Jun.-Prof. Dr. rer. nat. Michael Hanke